FlowModeler bietet ein 3D-Oberflächen-CAD mit dem wasserdichte Geometrien für CFD-Simulationen erstellt und bearbeitet werden können. Geometrien können von Grund auf neu erstellt werden oder mittels allgemeiner Datenformate wie IGES importiert werden.
Modelle in FlowModeler bestehen aus parametrisch-assoziativen Objekten. Parameter werden durch Abmaße dargestellt, deren Werte verändert werden können. Durch assoziative Eltern-Kind-Beziehungen können verschiedene Varianten aus einem Modell erzeugt werden.
FlowModeler kann neben der grafischen Benutzeroberfläche auch über Scripte gesteuert werden. FlowModeler bietet zum Erstellen und Ausführen von Scripten einen eigenen Editor. Über den Editor können Scripte auch während einer Sitzung aufgezeichnet werden.